平台的最新版本-23.06-现可在平台.opentargets.org.
关键点
新功能
数据更新
产品特点
关键统计信息
| 公制 |
计数 |
| 目标 |
62,685 |
| 疾病 |
24,713 |
| 药物 |
13,210 |
| 证据 |
15,117,741 |
| 协会 |
7,835,247 |
Open Targets社区上提供了其他指标。
新功能
CRISPR屏幕数据
我们集成了CRISPRbrain的屏幕(crisprbrain.org)，一个开放访问平台，使用户能够探索和比较不同人类细胞类型的功能基因组学屏幕。筛选包括CRISPR核酸酶/敲除、CRISPR-干扰和CRISPR-activation筛选。我们优先考虑了生存/扩散筛查。
这个新的目标疾病关联证据显示在“CRISPR屏幕”小部件中，有助于我们的路径和系统生物学数据类型。
该平台使用线性化的CRISPbrain统计显著性评估来分配分数，包括分布上端和下端的命中率。
由于Wellcome Sanger研究所同事的专业知识，CRISPRbrain中包含的23个屏幕在开放目标平台中映射到了疾病。
用于关联的CRISPR屏幕小部件SOD2与神经退行性疾病显示了在谷氨酸能神经元中进行的屏幕上的四个条目。
基因重要性
核心必需基因不太可能耐受抑制，因此如果受到调控，很容易引起不良事件。对于寻求开发抑制策略的药物发现科学家来说，这是至关重要的安全信息。
癌症依赖图(depmap.org网站)在1000多个细胞系中进行了系统的功能丧失筛查。通过测量单个基因被抑制后的适应度，该团队将一个基因定义为核心必需基因，前提是大多数细胞株在抑制或敲除后死亡。尽管该项目仅使用了癌细胞系，但该实验很好地代表了功能丧失在不同组织中是否可以耐受。
现在可以在目标个人资料页面的Cancer DepMap小部件中浏览此信息。如果基因是核心要素，页面顶部摘要部分下面的芯片将显示这一点。
上的Cancer DepMap小部件KRAS目标配置文件页面，在一系列组织中显示出重要性。将鼠标悬停在数据点上会显示有关实验和分数的其他信息。癌症依赖图目前在180多个不同的CRISPR屏幕上提供信息，包括开放目标项目，项目评分。
数据更新
此版本集成了来自我们数据源的许多更新。在这里，我们将进一步详细介绍那些特别感兴趣的项目。
ChEMBL公司
今年3月发布的ChEMBL 32对药物和临床候选信息进行了全面更新。
在可能的情况下，该团队修订了药物警告注释，以提取与药物警告相关的具体不良结果。在854种具有安全警告的化合物中，有219种化合物现在对报告的不良结果进行了具体注释，映射到了实验因子本体。
此信息可以在药物简介页面上的药物警告小部件中作为新的“不良事件”列查看。
上的药物警告小部件Carisoprodol简介页面。用户可以查看与EFO术语对应的不良事件的特定列表。为了与此版本保持一致，我们还最新临床阶段信息及其相关评分.
显示药物信息的窗口小部件现在反映了ChEMBL定义的临床发展阶段，例如目标疾病证据页面上的ChEMBL-窗口小部件、疾病档案页面上的已知药物窗口小部件以及药物档案页面中的临床先验和适应症窗口小部件。
“临床优先顺序”窗口小部件，显示的临床试验记录托尔卡彭，现在显示出更精细的临床发展阶段，如第一阶段（早期）。这个ChEMBL证据的权重针对目标疾病的关联已经更新，以反映这些新的阶段类别。
IntOGen公司
经过3年多的开发，IntOGen的新版本(intogen.org网站)5月底发布。更新整合了48个新的队列分析，代表近5000个样本。
在管道的其他组成部分中，基因指数和变异效应预测进行了更新，生成了一个更新的驱动基因列表，增加了133个基因和一组更完整的疾病。有关更多信息，查看发行说明.
基于新IntOGen版本的疾病/靶点证据集包含1000多条证据，代表70种疾病和619个靶点之间的2620种独特关联。
欧洲PMC
过去几个月，我们在欧洲PMC的同事(欧洲人民网)在实体识别管道的性能和鲁棒性方面取得了巨大进步。
由于他们的努力，开放目标平台现在拥有超过1.47亿份出版物中的4.4亿个认可实体，我们2月份发布的出版物数量增加了200万份。
基于文献数据集，产生了130万个独特的疾病/靶点关联，并得到了950万个潜在证据的支持。
产品特点
保护变量
ProtVar于5月底推出(网址：ebi.ac.uk/ProtVar)是一种新的网络工具，用于将蛋白质中的人类错义变异联系起来并加以解释。ProtVar结合了UniProt、PDBe和Ensembl等多个数据库的数据，以及Open Targets的新分析，将基因组数据和蛋白质序列、功能和结构见解结合在一起，使用户能够快速识别蛋白质功能错义变异的潜在影响。
该平台现在在目标疾病关联页面上提供了来自开放目标遗传学、Uniprot变体和ClinVar小部件的ProtVar链接。
ClinVar和Open Targets Genetics小部件显示全基因组相关基因座链接NOD2与克罗恩病。作为错义变体的变异现在通过芯片链接到ProtVar中的变异页面。
最后，请注意我们发布周期的时间已经改变; 我们现在将在三月、六月、九月和十二月发布。
