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核心核苷酸数据库(核心_吨)现在是默认的核苷酸BLAST数据库。了解有关的更多信息核心_nt.
输入坐标子范围的查询序列。BLAST搜索仅适用于残留物在范围内。序列坐标来自1到序列长度。范围包括这个收件人坐标。更多。。。
使用浏览按钮从本地磁盘上传文件。文件可能包含单个序列或序列列表。数据可以是数据库登录号列表,NCBI gi编号或FASTA格式的序列。
此标题显示在所有BLAST结果和保存的搜索中。
在顶部文本框中输入一个或多个查询,在下部文本框中键入一个或更多主题序列。然后使用页面底部的BLAST按钮对齐序列。 要在输出中获取CDS注释,请仅使用NCBI登录或查询或主题的gi编号。重新格式化结果并选中“CDS功能”以显示该注释。
输入坐标子范围的主题序列。BLAST搜索仅适用于残留物在范围内。序列坐标来自1到序列长度。该范围包括这个收件人坐标。更多。。。
使用浏览按钮从本地磁盘上载文件。文件可能包含单个序列或序列列表。数据可以是数据库登录号列表,NCBI gi编号或FASTA格式的序列。
选择要对其运行搜索的序列数据库。不BLAST数据库包含NCBI.BLAST中的所有序列数据库按信息内容(nr、RefSeq等)组织或通过测序技术(WGS、EST等)。更多。。。
输入生物体通用名、二项式或税号。只显示20个顶级分类群。 帮助
开始在文本框中键入,然后选择您的出租车。使用“加号”按钮添加另一个有机体或组,使用“排除”复选框缩小子集。搜索将限于数据库中与子集对应的序列。
您可以使用Entrez查询语法搜索所选BLAST数据库的子集。这有助于将搜索限制在分子类型、序列长度或排除有机体。更多。。。
选择要对其运行搜索的序列数据库。不BLAST数据库包含NCBI.BLAST中的所有序列数据库是按信息内容(nr、RefSeq等)组织的或通过测序技术(WGS、EST等)。更多。。。
输入PHI模式以开始搜索。PHI-BLAST可能比简单模式搜索执行得更好,因为它筛选出假阳性(可能是随机且不表示同源性)。
要显示的对齐序列的最大数量(实际路线数可能大于此值)。
自动调整字长和其他参数,以改善简短查询的结果。
随机模型中的预期机会匹配数。更多。。。 期望值教程
启动对齐的种子的长度。更多。。。
将匹配项的数量限制在查询范围内。如果许多强匹配到查询可能会阻止BLAST向查询的另一部分显示较弱的匹配。该算法基于//网址:www.ncbi.nlm.nih.gov/提交/10890403
为对齐残留物对指定分数,并确定总体对齐分数。更多。。。
对匹配和不匹配的基础进行奖励和惩罚。更多。。。
在路线中创建和延伸间隙的成本。更多。。。
矩阵调整法用于补偿序列的氨基酸组成。更多。。。
遮罩低成分复杂度的区域这可能会导致虚假或误导性的结果。更多。。。
屏蔽指定物种的重复元素导致虚假或误导的结果。更多。。。
生成用于扫描数据库的种子时屏蔽查询,但不适用于扩展。更多。。。
屏蔽FASTA输入中所有小写字母。更多。。。
种子中忽略某些位置的基的总数。更多。。。
指定扫描数据库时忽略的基数。更多。。。
上传职位特定得分矩阵(PSSM)之前从PSI-BLAST迭代下载。你可以搜索不同于用于生成PSSM,但必须使用相同的查询。更多。。。
设置统计显著性阈值在PSI-BLAST使用的模型中包含序列在下一次迭代中创建PSSM。
设置统计显著性阈值以包括域在DELTA-BLAST用于创建PSSM的模型中
Pseduocount参数。如果指定零,则通过最小长度描述原则(PMID 19088134)自动确定参数。建议值为30,以便在实施最小长度原则之前获得近似行为。