摘要

动机: 生物信息学生物信息学实验涉及计算工具和信息库的协调使用。越来越多的这些资源以Web服务的形式通过编程访问提供。生物信息学科学家需要在工作流中协调这些Web服务,作为其分析的一部分。

结果:塔维纳项目为生命科学界开发了一种用于合成和制定生物信息学工作流的工具。该工具包括一个工作台应用程序,该应用程序为工作流的组合提供图形用户界面。这些工作流是用一种称为简单概念统一流语言(Scuff)的新语言编写的,其中工作流中的每一步都表示一个原子任务。使用了两个示例来说明生物信息学可以使用工作台应用程序将实验表示为Scuff工作流。

可利用性:Taverna工作流系统是开源的,可以下载Scuff工作流示例http://taverna.sourceforge.net

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信件应寄给谁。

作者注释

EMBL欧洲生物信息学研究所,剑桥欣克斯顿,英国CB10 1SD,英国南安普敦大学信息技术创新中心,英国SO16 7NP,英国曼彻斯特大学计算科学系,英国M13 9PL,英国4MRC罗莎琳德·富兰克林基因组研究中心,剑桥欣克斯顿威康信托基因组校区,英国CB0 1SB,5英国诺丁汉大学计算机科学与信息技术学院,NG8 1BB;英国纽卡斯尔大学计算科学学院,NE1 7RU