MADE4:使用ADE4对微阵列数据进行多元分析



什么是MADE4?
MADE4是用统计语言编写的包R(右).制造4支持微阵列和其他基因组数据集的多元分析。它可以阅读生物导体微阵列数据格式并发送这些到多元统计分析包ADE4型. 它有几个增强的图形功能,有助于微阵列多元分析结果的可视化数据。

MADE4中有哪些功能?
MADE4中的函数列表及其示例可用,请参见帮助页面包中描述了如何应用MADE4函数的教程小插曲.

MADE4的当前版本是什么?
当前版本:1.2.0
发布日期:2005年9月21日

MADE4的最新版本可从生物导体。

如何安装MADE4?
MADE4在Bioconductor中可用。从生物导体下载.

可以使用R命令安装MADE4:

install.packages(“made4”,repos=“http://www.bioconductor.org")
警觉地,从生物导体下载。并使用以下命令手动安装:
Windows用户可以下载.zip文件,然后使用菜单进行安装。为此,请单击
包->从本地zip文件安装包
或者,您希望从源代码(Linux、Mac或Windows)安装,请下载.tar.gz版本。在命令提示符下键入
R CMD安装made4_xxx.tar.gz
其中xxx是MADE4的版本号。

我如何引用MADE4?
请引用:Culhane AC、Thioulouse J、Perriere G、Higgins DG。(2005)MADE4:基因表达数据多元分析的R包。生物信息学.21(11):2789-90.预印本

在哪里可以下载完整的示例数据集?
在made4中,示例数据集(NCI60,Khan)被缩减。这是为了使包裹保持较小。因此,Khan数据集仅包含该数据集中2308个基因中的306个。NCI60 Ross等人和Staunton等人的数据仅包含144行(基因)。完整的数据集可以从以下位置下载http://bioinf.ucd.ie/people/edin/R/full_datasets/

我应该向谁报告错误?
如果可能,请使用R命令traceback获取错误信息和将此信息和错误详细信息发送至:
[邮件地址]

使用MADE4生成的选定图像

介于.graph之间 公共地图 do3d 热图.bga
介于.graph.jpg之间
通用地图.jpg
do3d.jpg格式
热图.bga.jpg
热图数据 html3d html3d-b 绘图.bga
热图.data.jpg
html3d.jpg格式
html3d_b.jpg
图.bga.jpg
中央情报局 plot.coa公司 旋转3d  
plot.cia.jpg文件
plot.coa.jpg格式
旋转3d.jpg