BiBiServ2-TCR浏览器

下一代测序T细胞受体（TCR）库分析在科学和临床研究中获得了主要关注。然而，尽管测序技术得到了改进，但下一代测序器产生的大量数据集通常容易出错，因此迫切需要改进的分析工具，不仅能够解释大量序列，而且能够解释测序工件。TCRProfiler是一个工具，它包含测序器生成的质量值，以提高TCR曲目分析的可靠性。作为一种用于平行和详细分析的独立工具，TCProfiler界定了TCRα和/或β链序列的组合多样性（重排种系V、（D）和J基因）和连接多样性（P（同源）-和N（模板上）-核苷酸）。TCRProfiler生成特定于问题的统计曲目配置文件以及可视化文件，以便快速全面地加入曲目多样性。在单个分析中，TCRProfiler可以基于用户给定的参考序列处理任何物种的TCRα和/或β链序列。

TCRProfiler的使用

TCRProfiler是一个独立的Java应用程序，它并行处理TCRα和/或β链序列（多线程）或在单CPU台式计算机上。这个手册页介绍了TCRProfiler的用法。工具本身和相应的可视化工具（TCRViz）可以在下载部分下载，以及包含测试数据和结果示例的小示例文件。与一起使用的底漆序列测试数据（T细胞受体β链样本）可以在中的示例命令行调用中找到手册页（请参阅“运行TCRProfiler”一节）。

关于

TCRProfiler由比勒费尔德大学的Pina Fanny Ida Krell开发。如果这个程序对你有用，拜托引用它在你的工作中。如有疑问或错误报告，请联系开发人员.