作者:P.Krell 下一代测序激活的T细胞受体(TCR)储备分析在科学和临床研究中获得了重大关注。然而,尽管测序技术得到了改进,但下一代测序器产生的大量数据集通常容易出错,因此迫切需要改进的分析工具,不仅能够解释大量序列,而且能够解释测序工件。TCRProfiler是一个工具,它包含测序器生成的质量值,以提高TCR曲目分析的可靠性。作为一个独立的并行和详细分析工具,TCRProfiler划分了TCRα和/或β链序列的组合多样性(重排生殖系V、(D)和J基因)和连接多样性(P(顺式)和N(模板上)核苷酸)。TCRProfiler生成特定于问题的统计曲目配置文件以及可视化文件,以便快速全面地加入曲目多样性。在单个分析中,TCRProfiler可以基于用户给定的参考序列处理任何物种的TCRα和/或β链序列。
TCRProfiler的使用TCRProfiler是一个独立的Java应用程序,它并行处理TCRα和/或β链序列(多线程)或在单CPU台式计算机上。这个手册页介绍了TCRProfiler的用法。工具本身和相应的可视化工具(TCRViz)可以在下载部分下载,以及包含测试数据和结果示例的小示例文件。与一起使用的底漆序列测试数据(T细胞受体β链样本)可以在中的示例命令行调用中找到手册页(请参阅“运行TCProfiler”一节)。关于TCRProfiler由比勒费尔德大学的Pina Fanny Ida Krell开发。如果这个程序对你有用,拜托引用它在你的工作中。如有疑问或错误报告,请联系开发人员.
建造于2016年3月16日(0:c7efb33a6544)
|