SWIFT银行代码
SWIFT是一个用于快速局部对齐搜索的程序,确保在两个序列之间找到ε匹配。ε匹配是给定长度以上的局部对齐,错误率最多为ε。
快速香脂
SWIFT BALSAM(BAsic fiLter for Semigobal non-gapped AlignMent search)是一种工具,用于在一组读取(或任何其他DNA序列)中查找与给定参考序列(例如基因组)具有完美k元匹配的读取
当BLAST需要很长时间(数小时或数天)来将数百万个读取与基因组对齐时,BALSAM可以在几分钟内完成。因此,它可以在预处理步骤中用作过滤器,以查找具有k-mer匹配(和给定相似性阈值)的所有读取。然后,可以在更短的时间内将更小的匹配读取集与基因组“爆炸”。
外部链接
请同时查看RazerS(剃须刀)RazerS也基于SWIFT引入的主要技术。