作者:R.Wittler
对重建O(运行)(f)一氧化碳不服侍的一氧化碳不连续区域
ROCOCO重建祖先基因簇。给定系统发育树的拓扑结构以及叶节点的基因顺序,它计算了内部节点。优化标准结合了两个属性:简约性,即基因簇的得失数量必须最小,并且一致性,即每个祖先节点必须至少存在一个包含所有重建的簇。
下面介绍了基本模型、标记问题和方法【STO:工作时间:2009年】由Stoye和Wittler。有关更新的详细说明,请参阅【工作时间:2010年】
在当前版本(2.0)中,包含了两个基于序列的基因簇模型。这意味着,模型中包含了基因序列中的Paralog。ROCOCO公司提供了一个图形用户界面(ROCOCO-Compare)来比较和探索重建结果。您可以从不同的内部节点加载结果,或者从不同的基因簇模型中寻找相似性或搜索特定基因。您可以从下载页面下载Rococo-Compare作为jar存档或使用Java WebStart技术执行。
建造于2015年6月25日(5:5c9f1dda3dcd)
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