作者:S.Janssen
快速形状计算热力学匹配器(TDM),使用运行时启发式进行概率形状分析。
它使用管道来计算精确的形状概率。
此管道包含以下三个步骤:
1.创建一组最可能的形状。
2.将形状字符串翻译成ADP语法。
3.然后将每个ADP语法以C++程序的形式转换为TDM。
使用RapidShape启发式,运行时增益随序列长度增长。因此,我们首次能够分析含有400个或更多核苷酸的序列。取决于阿尔法-和以前的方法相比,RapidShapes明显加快了形状分析的速度。因此,概率形状分析在中等规模的应用中变得可行,例如细菌基因组中RNA转录物的筛选。
图1:显示RNA的形状和不同层次的抽象表示。抽象形状类有一个巨大的优势:许多相似的RNA形状可以组合成一个抽象形状类。抽象级别由数字定义,其中5是最抽象的级别,1是最不抽象的级别。RapidShapes使用此抽象来生成形状特定的热力学匹配器。
建造于2015年6月25日(5:017261b4dbab)
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