作者:S.Janssen
快速形状使用用于概率形状分析的运行时启发式算法来计算热力学匹配器(TDM)。
它使用管道来计算精确的形状概率。
此管道包含以下三个步骤:
1.创建一组最可能的形状。
2.将形状字符串翻译成ADP语法。
3.然后将每个ADP语法以C++程序的形式转换为TDM。
使用RapidShape启发式,运行时增益随序列长度增长。因此,我们首次能够分析含有400个或更多核苷酸的序列。取决于阿尔法-和以前的方法相比,RapidShapes明显加快了形状分析的速度。因此,概率形状分析在中等规模的应用中变得可行,例如筛选细菌基因组中的RNA转录物。
图1:显示RNA的形状和不同层次的抽象表示。抽象形状类有一个巨大的优势:许多相似的RNA形状可以组合成一个抽象形状类。抽象级别由数字定义,其中5是最抽象的级别,1是最不抽象的级别。RapidShapes使用此抽象来生成形状特定的热力学匹配器。
建造于2015年6月25日(5:017261b4dbab)
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