p亲吻是一种折叠RNA二级结构的工具,包括两类有限的伪结。
作为p亲吻是的继承人密码RG,第一个伪结类是标准简单递归伪结从密码RG。新班级是标准简单递归接吻发夹.
为了在添加更复杂的接吻发夹类的同时保持快速的运行时间,我们从两个典型的简单递归伪结的重叠中启发式地构造了接吻发卡。通过应用这个技巧,我们有点不彻底了。根据我们的评估,表现仍然很好。 如果你对这种情况感到不舒服,p亲吻提供了另外三种计算接吻发夹的策略。这些策略要么速度较慢,要么消耗更多内存。 我们强烈建议使用策略A。请参阅手册了解详细信息。
战略 |
时间复杂性 |
空间复杂性 |
策略A |
O(n4) |
O(n2) |
策略B |
O(n4) |
O(n三) |
策略C |
O(n5) |
O(n2) |
策略D |
O(n6) |
O(n2) |
作者:S.Janssen
建造于2015年6月25日(32:49335b54b1ba)
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