作者:M.Hoehl、S.Kurtz、E.Ohlebusch 这是软件工具MGA的主页。以下是随附论文的摘要。
动机为了能够直接比较足够相似的生物体的基因组DNA序列,迫切需要能够对齐两个以上基因组序列的软件工具。结果我们开发了新的算法和软件工具“多基因组比对器”(简称MGA)高效计算大型、,密切相关的DNA序列。例如,它可以对齐85%的完成在159秒内对六种人类腺病毒(平均长度35305bp)的基因组进行分析。对齐三株大肠杆菌74%的完整基因组(长度:5528445;5498450;4639221 bp)30分钟内完成。可利用性非商业研究机构可免费使用MGA软件。新结果我们通过合并更快的链接算法改进了MGA。这减少了对齐所需的时间将三株大肠杆菌培养至不到21分钟。六种人类腺病毒可以在142秒。此外,使用新参数(-l 10 7 5 4),MGA现在能够在198秒内调整92%。
建造于2015年6月8日(2:52023c84f745)
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