跳跃对齐(JAli)是一种比较蛋白质序列与蛋白质家族的对齐方法,由多重对齐表示。它也可以用于敏感的蛋白质数据库搜索。算法是]史密斯-沃特曼算法的推广。
本项目包括三个部分:
贾利语-jali将蛋白质序列和a的多重比对作为输入蛋白质家族并计算序列和比对的跳跃比对。
jsearch(搜索)(没有在线版本)-jsearch将蛋白质数据库作为输入以及蛋白质家族的多重比对,将数据库中的所有蛋白质与比对进行比较,然后根据计算的跳跃对齐分数,按排序顺序输出数据库。
jscan公司(没有可用的在线版本)-jscan将一个蛋白质序列和一个蛋白质序列多重比对数据库(PRODOM格式)。jscan为序列和数据库中的每个多重对齐,然后按排序顺序输出集群名称相对于计算的跳跃路线得分。