利用当前的测序技术,可以生成大量读取给定的基因组。然而,组装通常以一系列的连接结束它们之间的间隙。如果一个(或多个)相关基因组的序列已经已知,此信息可用于估计contigs的顺序和方向彼此面对。这有助于完成测序项目,因为简化了特定引物序列的设计以填补空白。
描述
这是一个用于在比较基因组中排序和定向contigs的工具套件时尚。目前包括两个项目:
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r2cat公司,基于相关参考的contig排列工具可用于根据单个连续项对一组连续项进行排序参考基因组。这是通过使用q-gram过滤器。映射在同步图中可视化。 |
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树冠-基于进化树的contig排列工具在一个系统发育学中提取几个基因组及其关系树,以估计重叠群的可能排序。 |
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启动应用程序很容易启动这个程序工具套件。只需要Java WebStart。要试用应用程序,请选择r2cat或树在上面的导航中。其他工具下面是其他工具的列表其中处理了相同的连续排列问题:
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