利用当前的测序技术,可以生成大量读取给定的基因组。然而,组装通常会以一组重叠结束他们之间的差距。如果一个(或多个)相关基因组的序列已经已知,此信息可用于估计contigs的顺序和方向彼此面对。这有助于完成测序项目,因为简化特定引物序列的设计以填补空白。
描述
这是一个用于在比较基因组中排序和定向contigs的工具套件时尚。目前包括两个项目:
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r2cat公司,基于相关参考的contig排列工具可用于根据单个连续项对一组连续项进行排序参考基因组。这是通过使用q-gram过滤器。映射在合成图中可视化。 |
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树冠-基于进化树的contig排列工具在一个系统发育学中提取几个基因组及其关系考虑到树来估计contigs的可能顺序。 |
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启动应用程序很容易启动这个程序工具套件。只需要Java WebStart。要试用应用程序,请选择r2cat或树在上面的导航中。其他工具下面是其他工具的列表其中处理了相同的连续排列问题:
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