对齐-工具
AltAVist公司-AltAVist:备选路线可视化工具
ClustalW公司-通用DNA多序列比对程序或蛋白质
数据中心分析-Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment(DCA)是一个用于快速、高质量地同时对氨基酸、RNA或DNA序列进行多序列比对的程序。
对话-DIALIGN是一个基于分段比较的多重对齐程序。
E2G公司-E2G-高效地将大型EST和cDNA集映射到基因组序列。
日本航空公司-跳跃对齐(JAli)是一种比较蛋白质序列与蛋白质家族的对齐方法,由多重对齐表示。它也可以用于敏感的蛋白质数据库搜索。算法是]史密斯-沃特曼算法的推广。
OMA公司-OMA是用于优化序列对齐的C++类库
PoSSuM搜索没有可用的描述
PoSSuM搜索2-通过PSSM族模型的搜索空间缩减,HMM数据库搜索速度显著提高
SWIFT套装-SWIFT套装是用于快速基于索引的序列比较的软件集合。