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在未结合蛋白质-蛋白质对接中,两种蛋白质的复合物可以使用蛋白质的未结合构象(Halperin等人,2002年)。用于对接测试算法,两个形成已知复合物的未结合蛋白质必须被识别,所以对接算法的结果可以与已知的复杂度进行比较。对于测试用例的识别,必须对从PDB中提取的结构进行分类作为未结合的蛋白质或复合物和与必须搜索一个复杂的部分。到目前为止,大多数小组都使用手工挑选的测试集。这个Chen等人描述了迄今为止使用的最大的测试用例集合。(Chen等人,2003)并包含31个未绑定对接的测试用例。由于PDB中可用的蛋白质结构,测试用例的自动生成将成为在未来变得越来越重要。