肖恩·艾迪(Sean Eddy)定义的协方差模型(CM)不奖励有效碱基对或相对于一个一致二级结构的完整子结构的插入。然而,一些家族,例如tRNA,包含具有额外信息子结构的少数群体,这些子结构在形成一个一致的二级结构时被大多数人破坏。
歧义协方差模型(aCMs)是我们的原型建议,用于扩展具有多个共识结构的CMs。