计算机代码R

新闻

计算机代码R现在可从Bioconductor（2.14版）获得。有关软件包的最新版本，请通过Bioconductor访问。

概述

计算机代码R是用于比较应用于通用RNAseq数据集的多种差异表达分析方法的结果的R包。它还包含模拟真实计数矩阵的功能，以及与几种最广泛使用的RNAseq数据差异表达分析方法的接口。

包裹

的最新版本计算机代码R可从以下位置获得生物导体（源于版本2.14）。

有关如何使用的更多信息计算机代码R，请参阅手册或者渐晕。

示例数据

提供了一组合成和真实的基准数据在这里许多微分表达式方法已应用于这些数据集，并且结果可用在这里。

旧版本（当前版本可通过Bioconductor获得）

安装

有关安装的一般说明R（右）软件包，请参阅的帮助页install.packages（）中的函数R（右）。

要成功安装compcodeR，您需要有最新版本的R（右）(>= 3.0.2). 此外，compcodeR依赖于系统上必须安装的几个软件包。自0.99.3版本起，这些软件包如下：

可从以下位置获得CRAN（起重机）:平方米，knitr（>=1.2），降价，收益率，晶格（>=0.16），gplots（gplots），gtools（工具），格达塔，caTools（计算机辅助工具），科恩平滑，MASS（质量），ggplot2，字符串，最时髦的，维奥普洛特

可从以下位置获得生物导体:边缘R，利马

此外，要执行差分表达式分析，您需要在系统上安装相应的包。大多数这些软件包都可以通过Bioconductor获得。

要使用GUI，您需要安装rpanel公司（可通过CRAN获得）。