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2) D.A.Case、H.M.Aktulga、K.Belfon、D.S.Cerutti、G.A.Cisneros、V.W.D.Cruz埃罗、N.Forouzesh、T.J.Giese、A.W.Götz、H.Gohlke、S.Izadi、K.Kasavajhala,M.C.Kaymak、E.King、T.Kurtzman、T.-S.Lee、P.Li、J.Liu、T.Luchko、R.Luo、,M.Manathunga、M.R.Machado、H.M.Nguyen、K.A.O'Hearn、A.V.Onufriev、F.Pan、S.Pantano、R.Qi、A.Rahnamoun、A.Risheh、S.Schott-Verdugo、A.Shajan、J.Swails、J.Wang、H.Wei、X.Wu、Y.Wu、S.Zhang、S.Chao、Q.Zhu、T.E.Cheatham III、D.R.Roe、A.Roitberg、C.Simmerling、D.M.York、M.Nagan*和K.M.Merz Jr.AmberTools。化学杂志。信息模型。 63,6183-6191 (2023).

此外,请访问贡献者页面对于关于这些年来谁做了什么的更完整的信息。

有关琥珀色代码的全面概述,请参阅:
R.Salomon-Ferrer,D.A.Case,R.C.Walker。(2013)《琥珀概述》生物分子模拟软件包。"电线计算。分子科学。 ,198-210.(PDF格式)
D.A.Case、T.E.Cheatham,III、T.Darden、H.Gohlke、R.Luo、K.M.Merz,Jr.、。,A.Onufriev、C.Simmerling、B.Wang和R.Woods。(2005)《琥珀》生物分子模拟程序。"J.计算机。化学。 26,1668-1688.(链接)

琥珀蛋白力场概述,以及它们是如何产生的开发的,可以在以下位置找到:
J.W.Ponder和D.A.案例。(2003)“蛋白质模拟的力场。”高级保护。化学。 66, 27-85.(PDF格式)

有关的详细信息ff14SB和ff19SB蛋白质力场如下:
C.Tian、K.Kasavajhala、K.A.A.Belfon、L.Raguette、H.Huang、A.N.MiguesJ.Bickel、Y.Wang、J.Pincay、Q.Wu和C.Simmerling。(2019)“ff19SB:针对量子训练的氨基酸特异性蛋白质骨干参数溶液中的力学能量表面。"化学杂志。理论计算。16,528-552.(链接)

J.A.Maier、C.Martinez、K.Kasavajhala、L.Wickstrom、K.E.Hauser和C。辛默林。(2015)“ff14SB:提高蛋白质侧链和来自ff99SB的主干参数。"化学杂志。理论计算。 11,3696-3713.(链接)

核酸的类似信息如下:
T.E.Cheatham,III和D.A.案例。(2013)“核酸的二十五年仿真。"生物聚合物,99, 969-977.(链接)

有关GPU加速代码的信息,请参阅:
A.W.Goetz、M.J.Williamson、D.Xu、D.Poole、S.Le Grand和R.C.Walker。(2012)“使用AMBER进行常规微秒分子动力学模拟GPU。1.广义Born。"化学杂志。理论计算。 8,1542-1555. (链接)
R.Salomon-Ferrer,A.W.Goetz,D.Poole;S.Le Grand和R.C.Walker。(2013)“GPU上使用AMBER进行常规微秒分子动力学模拟。显式溶剂颗粒筛Ewald。"化学杂志。理论计算。 9, 3878-3888.(链接)

“那对于maxed来说怎么样?”

上次修改时间:2024年6月6日