提交到Web服务器问题
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核酸研究在7月份的一期中，专门发表了一篇论文，描述了对生物界有价值的基于web的软件资源。网络服务器问题包含描述在网络上运行的软件程序的论文，并提供关于DNA、RNA和蛋白质序列或结构的有用计算；高通量测序数据和微阵列数据分析；宏基因组和微生物组分析、网络和途径分析；生物文本挖掘；合成生物学工具；和创新的可视化。此外，还有一个专门的Web服务部分。这一类包括描述实现有用web服务的网站的短文，即通过编程而不是通过与web服务器的手动交互访问的自动分析。
Web服务器问题不再涵盖用于高吞吐量数据分析的独立应用程序，请将其作为标准文章提交到“计算生物学”部分。
Web服务器必须：
- 发挥作用标书提交日期。必须通过web浏览器访问服务器。
- 使用HTTPS协议并在http标准端口（443）上运行。
- 必须提供cookie同意当使用cookie时。
- 包括一种测试样本数据的简单机制例如，作者提供了一个自动加载数据的按钮。示例数据必须可供用户访问，以便他们能够确认数据格式要求。
- 包含帮助页面和/或教程链接到以与实际输出相同的方式交互执行的示例输出。帮助页面必须包括有关如何解释web服务器返回的结果的信息。
- 将每个用户提交的数据保密，除用户或用户授予的权限外，任何人都无法查看。
- 如果网站无法立即返回结果，请提供结果的web链接。该链接应在提交数据时提供，并允许用户在以后对结果进行书签和访问。理想情况下，链接将报告作业的状态（排队、运行或完成）。任何电子邮件请求都必须说明它是可选的。
- 与类似应用程序或过度使用R包相比，提供了明显的优势。
- 提供丰富的数据输出（例如超链接和可视化）。
- 在登录页上有免费访问声明或许可证链接。
Web服务器不得：
- 要求用户登录、注册或留下电子邮件地址除非他们处理敏感的人类数据（见下文）。任何注册都必须是可选的，例如用于数据共享或限制用户自己的数据访问。
- 仅限于单一（或少数）物种，人类和常见模式生物除外。
- 在使用之前需要使用其他工具（例如通过创建Rdata帧）进行过度的数据预处理。
- 覆盖管道中间的单个步骤。
- 是不会产生丰富输出的新分类器。
- 仅仅是下载或可视化静态数据的门户，没有分析用户数据的选项。
- 是过去两年内发布的web服务器的更新/增强/副本。
- 由于存在安全风险，请使用Flash和/或Java插件。
- 使用跟踪Cookie
使用来宾登录的网站将不被批准。
Web服务必须：
- 提供一个帮助页面，其中包含可用web服务的全面列表，以及每个服务的清晰描述和访问URL。
- 用python或其他常用编程语言提供模板脚本，可以运行该脚本来访问多个web服务并解析输出数据。目标是为用户（和审阅者）提供web服务访问的工作模板。理想情况下，程序应该易于修改，以便可以用于所有可用的web服务。
- 在主页上提供指向模板脚本的显著链接。
- 在登录页上有免费访问声明或许可证链接
处理敏感人工数据的Web服务器（例如健康记录或遗传数据）可能需要注册和登录。在这些情况下，用户必须能够在不提供电子邮件地址的情况下注册自己。注册必须由网站自动处理。必须能够在不进行注册的情况下访问非人类数据。
提交
希望提交Web服务器问题手稿的作者必须阅读并遵循这些说明。另请参见2017年版的社论和NAR软件可用性政策.
作者必须在上传一页摘要http://nar.bihealth.de/通过12月20日最晚。在1之前发送的提案11月0日在该日期之后才会进行审核。
不鼓励的提案:
- 主要聚合来自多个源的数据或组合现有第三方工具的服务器。
- 使用第三方软件的服务器，其使用条款比“免费并向所有人开放……”声明更具限制性。
- 大型数据文件的分析器，例如高通量测序数据文件。
- 主要生成可下载文件的服务器，在浏览器中没有相应的数据可视化。
- 是/否决策预测者、多状态分类器或用于通知分类的数字分数生成者缺乏额外有用的支持信息或进一步分析。
- 使用新方法的Web服务器之前未在单独的同行评审出版物中验证，或发布时间不到一年。
- 基于机器学习的新预测因子，除非这些预测因子已在单独的同行评审出版物中得到验证。
请注意，通常不会考虑为单个数据库提供接口的服务器，而是应将其描述为专门讨论数据库的文章的一部分，并在年度报告中提交供考虑数据库问题.
对于以前出版物（包括NAR以外的期刊上的出版物）的主题web服务器或本质上类似的web服务器，有一个重新发布前至少间隔两年在Web服务器问题中。
这个一页摘要必须:
- “此网站免费向所有用户开放，无需登录。”
- “本网站免费向所有用户开放。上传和分析敏感个人信息需要登录。”
- 提供输入数据、输出和处理方法的描述；完整引用该方法或web服务器以前的出版物；以及两到四个关键字。
- 包括一个如果这是更新，则发出通知在这种情况下，包括用户数量和引用数量的估计。
- 包括一个如果这是重新提交，则发出通知前一年被否决的提案或论文。
此外，必须列出网站使用的任何具有更严格使用条款的第三方软件。
在上传页面上，必须指定以下内容：
- 网站地址。
- 网站名称。
- 所有作者的姓名、隶属关系和电子邮件地址。
- 描述方法的同行评审手稿的发布ID（如果适用）。
- 测试软件的浏览器和/或操作系统。
提交期间将检查网站的免费访问权限。
如果WEB服务器是可预测的，作者必须在总结中，包括有关验证训练中未使用的新数据预测的详细信息。N倍交叉验证研究将被视为不够。详细信息应包括验证数据集的大小和组成（阳性和阴性病例数），以及预测性能的几种度量，包括敏感性、特异性和精确度。
如果网站实现了元服务器或计算工作流，摘要必须描述1）除了现有第三方软件的简单链接或第三方预测者和分类器的一致预测计算之外的显著附加值；以及以下至少一项：2）如何显著减少用户收集数据和进行多步骤分析的时间，或3）网站如何显著增强数据和结果的显示。
如果WEB服务器处理蛋白质结构主题，摘要必须报告最近CASP实验的性能。
如果WEB服务器处理蛋白质或肽停靠，摘要必须报告最近CAPRI实验的性能。
如果WEB服务器处理蛋白质功能预测，摘要必须报告最近CAFA实验的性能
预计该网站将至少维护五年.
作者应限制自己最多三个提案.
手稿
对于批准的提案，手稿提交截止日期为批准电子邮件日期后3周或1月31日，以较晚者为准。（鼓励作者耐心等待。提案评审占据了一月份的大部分时间。）手稿将在发送给评审员之前进行第一轮编辑评审，如果确定不适合该杂志，则可能会被拒绝。手稿修订的截止日期很紧，通常只允许两三周。
- “这个网站是免费的，对所有用户开放，不需要登录。”
- “本网站免费向所有用户开放。上传和分析敏感个人信息需要登录。”
- 作者应通过电子方式提交手稿学者一手稿。如有困难，请联系nar.editorialmanager@oup.com.
- 所有提交给NAR的文件必须包括至少一名指定作者，他们将作为相应作者。如果论文是由合作者小组撰写的，则必须选择一位作者作为相应的作者，并将其列为“代表”合作者小组的作者
- 鼓励作者使用NAR单词和乳胶模板。手稿文本（包括参考文献、图例和简单表格）可以是.pdf、.doc、.rtf或LaTeX格式。对于首次提交，可以接受.pdf文件。
- 在标题为“要点”的提交表格框中，包含最多三个简短的句子（要点），简要描述提交的关键特征。
- 作为一个附加文件，包括一个图形摘要（这只适用于第一次修订的手稿，但可能会包括在原始手稿中）。点击此链接图形摘要指南.
- 在提交手稿时，作者必须附上一封封面信，列出进行类似或相同计算的其他网站，以及它们的URL。
- 作者必须提供六名推荐的裁判的姓名、机构和电子邮件地址。他们应该是独立工作的科学家（即不是最近的合作者），具有相关专业知识或可能是web服务器的用户。
- 作者应尝试使用软件的名称作为文章标题的第一个单词，并应在摘要中包含一个有效的URL，从中可以访问软件。NAR公司以全文形式提供在网络上，并且每篇文章都包含指向其web服务器URL的链接。
- 手稿应包括软件的描述，包括所需的输入、它可以执行的计算范围以及返回给用户的输出示例。还应包括与现有方法的比较。应提供一个或多个用例研究，以说明网站如何提供新的生物学见解。投稿的篇幅通常应为4-5页，但考虑到这期特刊的篇幅限制，作者的写作应简明扼要。
- 只包含对网络服务器的粗略描述，而主要用于使用服务器进行某些特定数据分析的手稿是不合适的。
- 首次描述新算法方法的手稿通常不适用于Web服务器问题，应作为计算生物学标准论文提交考虑。
- 如果合适，作者应提交补充数据。此类材料可能包括对web服务器使用的算法背后的数学描述，或者描述如果软件是非直观的，应如何使用该软件的教程。所有补充数据必须在提交时可用，以供编辑审查，最终材料将存档在NAR公司网站。
- 软件必须功能齐全，并在提交时经过广泛测试。不应期望审查人员调试软件，测试期间本应发现的重大问题将被拒绝。
- 参考文献必须采用正确的期刊格式，在文本中只能按顺序编号引用，按出现的顺序排列，并在参考文献部分以数字形式列出。不得引用“已提交”或“正在准备”的手稿、URL和个人通信。请注意，参考文献包括每篇论文的完整标题。有关详细信息，请参阅 NAR公司网站.
- 参考文献部分必须包括每篇引用论文的有效电子DOI和PubMed Central链接（如有）。如果PMC链接不可用，请包含PubMed摘要链接。帮助将链接插入参考资料部分的程序可用。
- 除非需要对页面进行解释，否则软件主页不应用作文章中的图形。更合适的数字应包括典型计算的结果。
- 鼓励母语不是英语的作者在提交之前请以英语为母语的人检查文本。点击此链接查看英语服务提供商.
- 有关更多具体信息，请咨询作者须知.
为了帮助作者评估他们的手稿，以下是给审稿人的指导：
在为NAR公司Web服务器问题，请注意以下几点：
- 这个软件问题的目的是提供一个单一的位置，让基于web的软件的潜在用户可以找到可用的内容和软件的实际功能。
- 虽然原创性不一定是一个问题，但如果有其他来源的类似功能的软件，那么在这一贡献中一定有一些重要的新东西。手稿中应包括与现有方法的比较。
- 可接受性的一个关键考虑因素是手稿中描述的软件是否有用，以及它是否如所述在网络上工作。重要的是要对包进行彻底测试，最好是在至少两个常用的web浏览器上进行测试，以确保它能像宣传的那样工作，并且具有用户友好的界面。
- 该软件应提供广泛关注的分析。一个只与少数人相关的计划不太可能成为问题。
- 一些web服务器具有预测性。在这种情况下，手稿必须提供独立于任何培训数据的验证证据。详细信息应包括验证数据集的大小和组成（阳性和阴性病例数），以及预测性能的几种度量，如敏感性、特异性、精密度和任何其他适当的度量。
- 一些web服务器是元服务器或计算管道。在这种情况下，手稿必须描述1）除了现有第三方软件的简单链接或第三方预测者和分类器的一致预测计算之外的显著附加值；以及以下至少一项：2）如何显著减少用户收集数据和进行多步骤分析的时间，或3）网站如何显著增强数据和结果的显示。
- 一些网络服务器处理蛋白质结构主题。在这种情况下，手稿必须报告最近相关CASP实验的性能。
- 一些网络服务器处理蛋白质和肽的对接。在这种情况下，手稿必须报告最近相关CAPRI实验的表现。
- 一些网络服务器处理蛋白质功能预测。在这种情况下，手稿必须报告最近相关CAFA实验的表现。
- 该软件可能已在早期出版物中进行了描述。在这种情况下，论文应包括适当的参考文献，并应包含对新内容和不同内容的描述。在这种情况下，简洁至关重要。
- 提交人表示，该网站是免费的，对所有人开放，没有登录要求（除非传输敏感数据）。不得要求访客登录。此外，虽然网站可能要求提供电子邮件地址，但该地址必须是可选的，不需要获得结果。如果情况并非如此，请在您的评论中通知我。
- 建设性的评论将导致改进的手稿或改进的网络软件，这将是最有帮助的。大多数描述服务器的手稿最终都会被接受，除非该软件无法工作、产生错误结果或根本没有实际用途。
地铁列车时刻表
网络服务器问题收到数百份提案和手稿。由于截止日期的紧迫性，作者应该耐心等待编辑的回复。通常在2月中旬对提案作出答复。4月中旬前应收到手稿评论。
欲了解更多信息，请联系Dominik Seelow博士，电话：nar@bihealth.de.
